1894-ben bekerült a bécsi hadiakadémiára, mely intézmény a vezérkar előszobájának számított. Tanulmányai befejezése után nem sokkal, 1900-ban ki is nevezték vezérkari századossá. Képzettségére, képességeire jellemző adat, hogy ekkortól előbb a pécsi hadapród iskola, majd a Ludovika Akadémia tanára lett.

A tehetséges fiatal tisztre felfigyeltek az udvarnál is, 1909-től József főherceg két fiának, József Ferenc és László Liutpold főhercegeknek a nevelését irányította. Az első világháború kezdetekor saját kérésére felmentették az udvari szolgálat alól, frontszolgálatra osztották be. 1914 végétől (alezredesként) a mk. nagyváradi 4.

gyalogezred parancsnoka lett, ezredével végig járta mind a galíciai, mind az olasz hadszíntereket. Az isonzói csaták során ezrede a Görz közelében emelkedő Monte San Michele magaslat védelmében tüntette ki magát, a hosszú, mostoha körülmények között vívott harcok során egyenruhájuk a felismerhetetlenségig összesározódott, ennek következtében később az ezredet az „agyagemberek” névvel illették.

Kratochvil 1917-től a 39. dandár (ennek része volt a 4. ezred) parancsnoka lett. Első világháborús hőstetteiért 1929-ben megkapta a Katonai Mária Terézia-rend lovagkeresztjét.

1918 végén, a háborús vereség után csapatait zárt katonai rendben vezette állomáshelyükre, Nagyváradra, ami a kor körülményei között (Linder Béla hírhedt kijelentése, meg a frontkatonák körében zajló agitáció) jelentős cselekedetnek számított. 1918 novemberében kinevezték az V. erdélyi katonai kerületi parancsnokság élére, Kolozsvárra.

Ez (mivel a forradalmi kormányzat hibájából az alakulatok katonái szétszéledtek) tulajdonképpen csak adminisztratív tisztség volt, tényleges haderő nem állt rendelkezésére. 1918 decemberében a románok erdélyi betörését látva erőfeszítéseket tett a fegyveres ellenállás lehetőségeinek megteremtésére, nagy sietséggel szervezte a volt erdélyi ezredek feltöltésére irányuló toborzást.

Kolozsvárott megkereste néhány fiatal székely tartalékos tiszt, akik felajánlották, hogy a már elfoglalt Székelyföldről toboroznak önkénteseket. Kratochvil a tervet elfogadta, ez a toborzás alapozta meg a későbbi Székely Hadosztály létrejöttét. 1918. december 24-én a román csapatok benyomultak Kolozsvárra.

Kratochvil korábban úgy döntött, hogy – mivel még nem alkalmasak a sikeres ellenállásra – csapatait nyugatabbra vonja, az Erdély földrajzi határát jelentő magaslatok, hágók, szorosok vonalába, és ott várja be a további csatlakozókat.

A Székely Hadosztály és az erdélyi katonai kerületi parancsnokság alá tartozó egyéb csapatok (mindkettőnek Kratochvil volt a parancsnoka) 1919 januárjától április 16-áig állták útját a románoknak a Máramarosszigettől a Belényesi-medencéig tartó frontszakaszon.

Kratochvil azonban már március 21., a Tanácsköztársaság kikiáltása után felkereste az Erdélyi Kormányzótanács vezetőjét és kijelentette, hogy „készen áll a román hadsereg oldalán harcolni a proletárdiktatúra ellen”. Kratochvil visszaemlékezéseiben leírta, hogy április 16-án „átcsoportosította” hadosztályát – azaz a hadvezetés engedélye nélkül visszavonult.

Elhatározását a hadvezetésnek küldött jelentésében azzal indokolta, hogy 60%-os veszteséget szenvedett a románoktól, ami nem volt igaz. 1919. április 20-án megszakított minden érintkezést a Hadügyi Népbiztossággal és tárgyalásokat kezdett a fegyverletételről a románokkal. 26-án, Demecsernél letették a fegyvert.

A fegyverletétel után a románok, ígéretük ellenére, Kratochvilt tiszttársaival együtt egy időre Brassóba internálták.A fogságból történt szabadulása után (közben egy, a román állam elleni bűncselekmény vádjával indított, halálbüntetést is kilátásba helyező eljárás is folyt ellene) 1921-től a debreceni vegyesdandár és katonai körlet parancsnokává nevezték ki altábornagyi rangban.

Katonai pályájának végén, 1923–24-ben a Hadtörténelmi Múzeum igazgatója volt, majd viszonylag fiatalon, ereje teljében nyugdíjazták. Kiadatlan írásai, naplói, feljegyzései nemcsak a történészek számára kiváló és nélkülözhetetlen forrásmunka, hanem az érdelődőknek is izgalmas hadtörténet az első világháború utáni kaotikus évek mindennapjairól.

A feljegyzések egyes részei még korábbi időszakról vallanak, a nyugati front eseményeiről (pl, Isonzo) vagy a galíciai pokolról, ezen írások néhány darabja gyűjteményes kiadványban ugyan megjelent a 30-as években, de többségük csupán lapközlésben látott napvilágot.

Hasonlóan izgalmasak az erdélyi hadszíntér történetei, napi krónikái, valamint a szerzővel készült korabeli riportok és beszámolók ismeretlen ismeretei, melyek eleddig csak a Hargitaváralja, a Pesti Hírlap, az Egyetértés, az Ellenzék, a Nemzeti Újság, a Kis Újság kolumnáiban szerepeltek 1933 és 1942 között.